Профілактика стоматиту у собак має бути спрямована на дотримання власниками собаки правил годування та утримання. Не можна давати собакам занадто гарячу і занадто холодну їжу, а також лікарські речовини, що мають сильну подразнювальну дію на слизову оболонку ротової порожнини. Профілактика вторинного стоматиту інфекційної етіології має бути спрямована на своєчасну вакцинацію собаки проти даних інфекційних захворювань. При незаразних хворобах потрібна профілактика та своєчасне лікування хвороби.