Лікування стоматиту у собаки необхідно починати з виведення з раціону годівлі кормів, що спричиняє пошкодження слизової оболонки ротової порожнини. З цією метою хворому собаці призначають курячі, яловичі або рибні бульйони, слизові оболонки рідкі каші, киселі, молоко, кефір, кисле молоко, ацидофілін. У тому випадку, коли травма слизової оболонки сильна та глибока, то собаці можна призначити на 24-48 годин голодну дієту, але при цьому собака має мати вільний доступ до води. Штучне харчування у подібних випадках собаці проводять за допомогою внутрішньовенних та підшкірних ін'єкцій фізіологічних розчинів, крові – та плазмозамінників, вітамінів, ставлять поживні клізми.
Для дезінфекції ротової порожнини застосовують водні розчини у слабкій концентрації перманганату калію (1: 10000), етакридину лактату (1:1000), 3% розчин борної кислоти або фурациліну (1:10000).
Більш ніжним ефектом володіють зрошення порожнини рота відварами і настоями з лікарських трав - ромашки, календули, череди, шавлії, мати-мачухи та ін. нанесеними на ватний чи бинтовий тампон.
Для обробки та припікання глибоких виразок і ран застосовують розчин йоду з гліцерином (1:4), 0,2% розчин нітриту срібла (ляпис), 0,1% розчин флавокридину гідрохлориду, 1-2% розчин сульфату міді, синтоміцинову есульсію. та ін. За наявності показань собаці додатково призначають антибіотики.