Лікування багато в чому залежить від першопричини. Так, у разі розвитку винятку на тлі паразитарних патологій, ветеринар призначить відповідний препарат для їх знищення. У деяких випадках вони терміново видаляти в ході хірургічної операції (якщо вони операбельні, звичайно). Крім того, призначається радіо- та хіміотерапія. Основна мета лікування виникає в тому, щоб вилікувати основну проблему після усунення якої сам проктит піде на спад. Але, очевидно, у випадку варто прагнути максимально послабити інтенсивність запальної реакції. Якщо якихось протипоказань немає, то для цього підійдуть нестероїдні протизапальні препарати.
У випадках, коли є ризик розвитку вторинних інфекцій, призначаються антибіотики широкого спектру. Їхнє застосування виправдане в післяопераційний період, після чого в цей час організм тварин сильно ослаблений, і не може захиститися від дії мікроорганізмів. У період лікування буде корисним призначення загальнозміцнюючих та вітамінних препаратів, остання їх застосування добре позначається на неспецифічні резистентності організму.