Лікування у багатьох залежить від першопричини. Так, при розвитку запалення на фоні паразитарних патологій, ветеринар призначить відповідний препарат для їх знищення. При опухолях настоятельно рекомендується їх срочно видалити в ході хірургічної операції (якщо вони операбельні, звичайно). У протилежному випадку призначається радіо- і хіміотерапія. Основна ціль лікування полягає в тому, щоб вилікувати основну проблему, після усунення якої сам проктит пойде на спад. Але, зрозуміло, в будь-якому випадку варто прагнути до максимального зниження інтенсивності запальних реакцій. Якщо немає яких-то протипоказань, для цієї цілі цілком підійдуть нестероїдні протизапальні препарати.
У випадках, коли є ризик розвитку вторинних інфекцій, позначаються антибіотики широкого спектра. Іх застосування виправдано в післяопераційний період, так як в цей час організм тваринного сильно ослаблений, і не може захиститися від дії патогенних мікроорганізмів. У період лікування буде корисно призначення загальнозміцнюючих і вітамінних препаратів, так як їх застосування добре позначається на неспецифічної резистентності організму.