Профилактика стоматита у собак должна быть направлена на соблюдении владельцами собаки правил кормления и содержания. Нельзя давать собакам слишком горячую и слишком холодную пищу, а также лекарственные вещества, оказывающие сильное раздражающее действие на слизистую оболочку ротовой полости. Профилактика вторичного стоматита инфекционной этиологии должна быть направлена на своевременную вакцинацию собаки против данных инфекционных заболеваний. При незаразных болезнях необходимо профилактика и своевременное лечение болезни.