Начало заболевания острое, сильная рвота со слизью. Кал становится жидковатым, желтого цвета, затем — темно-красный.

Через 6-24 часа развивается водянистый понос, иногда с кровью, угнетенное состояние, быстрая утомляемость, повышение температуры тела (не всегда), отказ от пищи, апатия, характерна жажда, щенок часто подходит к миске с водой, пьет с жадностью, после питья появляется рвота.

Наблюдается быстрое истощение и обезвоживание. При анализе крови выявляют лейкопению. На 2-3-й день после появления клинических симптомов температура снижается до 37,5-38°С. Может развиться глухота. После парвовирусного энтерита в тяжелой форме может развиться миокардит, смертность от которого при молниеносном течение болезни достигает 70 %, а из оставшихся 30 % многие затем погибают от острой или хронической сердечной недостаточности.

Летальность от парвовирусного энтерита составляет около 50%, но среди щенков может достигать и 90%.