В большинстве случаев требуется оперативное вмешательство. Неполные наружные свищи расширяют, выскабливают омозолелую рубцовую ткань, рассекают карманы и лечат как гнанулированную рану. Полные перианальные свищи рассекают на всем протяжении, устраняя перемычку с прямой кишкой. Для этого вводят в канал свища желобоватый зонд, а затем пуговчатым скальпелем рассекают упомянутую перемычку.
При слепых внутренних свищах делают их рассечение или производят контрапертуру в параанальной области. Для этого вставляют со стороны прямой кишки изогнутый пуговчатый зонд, слегка надавливают, определяют место выпячивания его конца и делают в этом месте разрез. Дальнейшее лечение такое же, как при полных свищах.