Причини кіст яєчників не до кінця зрозумілі, а це означає, що немає спеціальних режимів профілактики. Проте дефіцит енергії є головним чинником. Зменшення тривалості періоду негативного енергетичного балансу після отелення значно знизить захворюваність на кістозні яєчники.